Lasciate riposare le vongole in acqua e sale per almeno 2 ore, poi sciacquatele ripetutamente sotto l'acqua corrente.
Trasferite le vongole spurgate in una casseruola con coperchio con il rametto di timo, la fetta di limone e la costa di sedano e fatele aprire su fiamma vivace. Lasciatele intiepidire, poi sgusciatene la metà.
Filtrate il fondo di cottura e conservatelo.
In una capace pentola rosolate nell'olio la cipolla tritata con lo scalogno.
Unite i fagioli e la passata di pomodoro.
Aggiungete anche il fondo di cottura delle vongole e 750 ml di acqua. Cuocete la preparazione a fiamma bassa e tegame coperto per 30 minuti. Aggiustate di sale, se occorre, solo a fine cottura.
Quando i fagioli saranno teneri e l'acqua completamente evaporata, unite le vongole.
In abbondante acqua salata lessate gli spaghetti al dente, scolateli e versateli nella zuppa in cottura.
Lasciate cuocere ancora 2 minuti, spolverizzate con il peperoncino e servite immediatamente.